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Toward an Unified Description for Thermodynamics,
    Folding Kinetics, and Mutagenesis of Proteins”

* Speaker : Prof. Ik Soo Chang[Pusan National University]
* Place : Physics Seminar Room (Science Bldg, 3-201)
* Date & Time : Oct,토토 사이트 후기16Fri)토토 사이트 후기4:00 ~ 5:00 pm
 
Abstract
A multiscale-heterogeneous protein energy function was developed for the biophysical study of the
thermodynamics, folding kinetics, and mutagenesis of proteins. After hybridizing an토토 사이트 후기atomic토토 사이트 후기force-
field into a coarse-grained energy function to account for the specificity of a토토 사이트 후기sequence토토 사이트 후기of토토 사이트 후기amino
acids even with the high structural homology, we constructed an exact free energy landscape of a
given protein and characterized its thermodynamics and folding-unfolding kinetics via토토 사이트 후기a토토 사이트 후기Chevron
plot based on solving exactly a master equation, which would enable us to pursue토토 사이트 후기a토토 사이트 후기mutagenesis
application. Our approach was applied successfully for resolving a controversy토토 사이트 후기about토토 사이트 후기the토토 사이트 후기folding
mechanism of fast folding proteins.  

Recent experiments claiming that BBL protein follows a global downhill folding raised an important
controversy as to the folding mechanism of fast folding proteins. Under the global downhill folding
scenario not only proteins undergo a gradual folding, but also folding events along the continuous
folding pathway could be mapped out from the equilibrium denaturation experiment. Based on the
exact calculation using a free energy landscape, relaxation eigenmodes from토토 사이트 후기a토토 사이트 후기master토토 사이트 후기equation,
and Monte Carlo simulation of an토토 사이트 후기extended토토 사이트 후기Munoz-Eaton토토 사이트 후기model토토 사이트 후기that토토 사이트 후기incorporates토토 사이트 후기multiscale-
heterogeneous pairwise-interactions between amino acids, here we show that the very nature of a
two-state cooperative transition such as a bimodal distribution from an exact free energy landscape
and biphasic relaxation kinetics do manifest in the thermodynamics토토 사이트 후기and토토 사이트 후기folding-unfolding토토 사이트 후기kinetics
of BBL and peripheral subunit-binding domain (PSBD) homologue. Our results provide an unequivocal
resolution to the fundamental controversy related to토토 사이트 후기the토토 사이트 후기global토토 사이트 후기downhill토토 사이트 후기folding토토 사이트 후기scheme,토토 사이트 후기whose
applicability to other proteins should be critically re-examined.

Contact Person : Prof. Ki Bong Lee (054-279-2068, kibong@postech.ac.kr)

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